ظل عقبة في منصبه قائدًا للحامية ببرقة خلال عهدي عثمان بن عفان وعلي بن أبي طالب، ونأى عن أحداث الفتنة التي وقعت بين المسلمين، وصبَّ اهتمامه على الجهاد ونشر الإسلام بين قبائل البربر ورد غزوات الروم، وبعد أن استقرت الأمور ابني امية ، جندت لعقبة بن نافع كل الإمكانيات المادية والعسكرية اللازمة لفتح شمال افريقيا ، فدخل تونس، على جيش قوامه عشرة آلف جندي وبنى مدينة القيروان سنة 55 هجرية/ 674 ميلادية …
في سنة55 هجرية عزل معاوية بن أبي سفيان عقبة بن نافع من القيادة وعين مكانه دينار أبو المهاجر، الذي جهز حملة عسكرية قادها بنفسه وسار متوجها لفتح الجزائر و اهم منطقة فيها وهي جبال الأوراس معاقل الأمازيغ الأشداء، الذين عجزت بيزنطة ومن قبلها روما عن إخضاعهم، واكتفت بولائهم للإمبراطورية، واغترفت باستقلال منطقتهم، كان كسيلة الذي كان رئيس أوربة من يقول أنه من الروم ومنهم من يقول من البربر ،
أعاد يزيد بن معاوية عقبة بن نافع و امره يواصل فتح الجزائر و المغرب ، فواصل عقبة الفتوحات مخترقا البربر الوثنيين و الروم لا يقف له أحد ولا يدافعه أي جيش، فالجميع يفرون من أمامه، ليجد نفسه مواجها للمحيط الأطلنطي فاخترق عقبة بفرسه ماء المحيط ثم قال بقلب المؤمن : “يا رب لولا هذا البحر لمضيت في البلاد مجاهداً في سبيلك، اللهم اشهد أني قد بلغت المجهود، ولولا هذا البحر لمضيت في البلاد أقاتل من كفر بك حتى لا يعبد أحد دونك”.
